Amaya dice adiós al Rayo Vallecano tras 254 partidos con la Franja en diez temporadas (en tres periodos diferentes). 36 partidos en Primera División, 95 en Segunda División, 99 en Segunda B, 17 en Copa del Rey y 7 partidos en Promoción a ascenso a Segunda.
El central ha vivido tres ascensos con el Rayo Vallecano y un descenso. En su ‘palmarés’ franjirrojo están dos ascensos a Primera División y uno a Segunda; mientras que el defensa vivió la pérdida de categoría hace dos temporadas de Primera a Segunda.
El canterano franjirrojo subió al primer equipo tras jugar cedido en Segunda B en el San Sebastián de los Reyes en la temporada 2003-2004. Su primer partido con el Rayo Vallecano fue el primer encuentro de Liga tras descender a la categoría de bronce. Un 29 de agosto de 2004 ante el Arteixo en el campo Ponte dos Brozos con Carlos Orúe como técnico.
Con 21 años el futbolista empezó a asentarse con el Rayo jugando las cuatro temporadas que el equipo militó en Segunda B. Fue uno de los héroes del ascenso a Segunda logrando el gol de la victoria en Zamora que colocaba con ventaja al equipo rayista de cara al partido de vuelta en Vallecas en el playoffs de ascenso.
La temporada siguiente, ya con 25 años, jugó en el regreso a la categoría de plata marchándose en el verano siguiente al Wigan británico junto a Diamé. Pero las cosas no le fueron bien en Inglaterra (no jugó ningún partido en Liga) y el central volvió en el verano de 2010 cedido a Vallecas.
El central vuelve para ser clave en el ascenso del equipo a Primera División y, a las órdenes de José Ramón Sandoval, vive la vuelta al equipo a la máxima categoría (donde aún no había podido jugar). Pero no debutaría en Primera con el Rayo, lo haría con el Betis.
En el verano siguiente Pepe Mel, quien le tuvo tres años en el Rayo, pide su fichaje y el central, propiedad del Wigan, ficha por el equipo verdiblanco. Durante tres temporada juega en el Benito Villamarín marcando incluso su único gol liguero al equipo franjirrojo.
Pero en la temporada 2014-2015 cumple su sueño. El futbolista termina contrato con el Betis y regresa por tercera vez al Rayo Vallecano; esta vez en la máxima categoría. El central juega en Primera División convirtiéndose en uno de los pocos jugadores en ponerse la camiseta rayista en Primera, Segunda y Segunda B.
En las siguientes cuatro temporadas más vive una permanencia, un descenso a Segunda y un ascenso a Primera División. El canterano Amaya se convierte en Capitán Amaya siendo un jugador fundamental en el terreno de juego y fuera de él.
El capitán rayista, a sus 34 años, deja la entidad rayista siendo el octavo jugador del Rayo con más partidos vistiendo la camiseta franjirroja tras Cota, Míchel, Felines, Alcázar, Uceda, Bordons y Anero.